激光掃描共聚焦顯微鏡平臺目前擁有蔡司高分辨率激光共聚焦顯微鏡系統（Confocal laser scanning microscope，簡稱CLSM）一套。激光掃描共聚焦顯微鏡系統是在熒光顯微鏡成象的基礎上加裝激光掃描裝置，使用紫外光或可見光激發熒光探針；利用計算機進行圖象處理，從而得到細胞或組織內部微細結構的熒光圖象，以及在亞細胞水平上觀察生理信號及細胞形態的變化。激光掃描共聚焦顯微鏡系統可滿足多色免疫組化、細胞和組織免疫熒光等熒光成像實驗的需要，特別是在蛋白的亞細胞定位、多靶標的共定位等方面具有普通熒光顯微鏡不具備的優勢，此外本系統還配備了活細胞培養和觀察模塊，可滿足邊培養邊觀察的需求。